Kecamatan Pulau Tiga berbatasan dengan :
- Sebelah Utara : Kecamatan Pulau Tiga Barat
- Sebelah Timur : Kecamatan Bunguran Selatan
- Sebelah Selatan : Kecamatan Midai
- Sebelah Barat : Kecamatan Palmatak, Kab. Kepulauan Anambas
Secara astronomis terletak berada pada posisi 107˚50΄-108˚08΄ Bujur Timur dan 3˚23΄-3˚41΄ Lintang Utara. Dari 14 (empat belas) pulau yang ada, sebanyak 3 (enam) pulau telah berpenghuni, sedangkan 11 (sebelas) pulau lainnya dimanfaatkan masyarakat sebagai kebun kelapa dan kebun cengkeh.