Kecamatan Pulau Tiga dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah (PERDA) Kabupaten Natuna Nomor 4 Tahun 2005, berasal dari pemekaran Kecamatan Bunguran Barat yang terdiri dari Desa Pulau Tiga, Desa Sabang Mawang dan Desa Sededap dan diresmikan oleh Bupati Natuna pada tanggal 10 Desember 2005.
Sesuai dengan Sebutan nama Pulau Tiga adalah Jumlah Pulau yang dihuni oleh Masyarakat yaitu Pulau Sabang Mawang, Pulau Tanjung Kumbik dan Pulau Sededap yang dulunya merupan sebuah desa di bawah Kecamatan Bunguran Barat .
Untuk mempersingkat rentang kendali dalam pelayanan dari masing-masing tiga pulau tersebut menjadi desa, yang nama desa nya disesuaikan dengan nama pulau tersebut kecuali Pulau Tanjung Kumbik dengan Sebutan Desa Pulau Tiga. Seiring dengan perjalanan waktu sampai saat ini Kecamatan Pulau Tiga telah dimekarkan menjadi dua kecamatan yakni Kecamatan Pemekaran Pulau Tiga Barat ( Pulau Tanjung Kumbik), sehingga wilayah kecamatan pulau tiga menjadi 2 ( dua ) pulau yakni Pulau Sabang Mawang dan Pulau Sededap yang terdiri dari 6 Desa.
Pemimpin – pemimpin Pulau Tiga sebelum Kecamatan dan sesudah dibentuk kecamatan ( yang tercatat ) dari Kepala Desa sampai dengan Camat adalah sebagai berikut :
- Masa 3 (tiga) pulau dengan satu Desa :
- Arifin
- H. Jamaluddin Bin Arifin
- Setelah Terbentuknya kecamatan
- Toha, S.STP
- Sayyid Abdurrahman
- Ferizaldi, SH
- SH
- Tabrani, A.Ma .Pd
- Abdul Karim.SE
- Tabrani, A.Ma .Pd
- Sudirman, M.Pd
- Idris, S.Sos (sekarang)